Ca și alte monumente din Transilvania, biserica fortificată de la Prejmer a suferit numeroase intervenții, dar în urma restaurării întreprinse de Direcția Monumentelor între 1960 și 1970 ea și-a căpătat forma inițială. Constituie cel mai bine păstrată și cea mai puternică biserică-cetate medievala din Estul Europei. În 1999, biserica a fost înscrisă pe lista patrimoniului cultural mondial UNESCO. Dedicată hramului "Sfânta Cruce", biserica a fost ridicată pe un plan central, în cruce greacă, modificat prin intervențiile din secolul al XVI-lea. Initial, clădirea era compusă din patru brațe egale dispuse în jurul unui careu centrat de un turn octogonal. Fiecare braț era compus din câte două travee, una pătrată și alta poligonală, corul bisericii fiind flancat pe ambele laturi de câte două perechi de capele rectangulare. Înrudirea cu spiritul și formele utilizate pe șantierul bisericii mănăstirii cisterciene Cârța, iar pe de altă parte, cu cele prezente la biserica evanghelică din Bartolomeu-Brașov, ambele ridicate după mijlocul secolului al XIII-lea, permite datarea bisericii evanghelice din Prejmer în a doua treime a secolului al XIII-lea și încadrarea sa în aceeași ambianță stilistică.
În biserică se găsește cel mai vechi triptic din Transilvania, datat între 1450-1460.

Fiindcă Prejmerul era prima localitate care primea loviturile turcilor veniți prin pasul Buzău, după ce regele Sigismund de Luxemburg a dispus ridicarea unor sisteme de apărare în Țara Bârsei, a început fortificarea bisericii prin ridicarea unei incinte înalte și puternice înconjurată de un șanț lat de apă. Cetatea, cladită în formă de cerc, avea ziduri groase de 3-4 metri și înalte de 12 metri, bastioane, porți de fier și poduri care se ridicau. Un drum de strajă folosea pentru aprovizionarea luptătorilor de la crenele. Pe lângă gurile de foc fixate în ziduri, în cetate se afla un dispozitiv de luptă neobișnuit: vestita „Orgă a morții”. Formată din mai multe arme așezate la un loc, care trăgeau toate deodată, ea producea dușmanului o mare panică și pierderi grele.