Este construită pe locul unei vechi mănăstiri, care a fost ridicată pe acest deal, într-o pădure de fagi, de unde provine şi numele mănăstirii: Făget. Saşii care populau această zonă au denumit-o în limba lor Bucholt, de unde şi a doua denumire, românizată: Boholţ.
La început a fost mănăstire de maici, iar mai târziu a devenit mănăstire de călugări. Se număra printre mănăstirile de seamă ale Ţării Făgăraşului, având numeroşi vieţuitori şi întinse terenuri de păduri şi păşuni care există şi astăzi: Făget, Ciungi, Gauri sau La Crepe. În total, domeniile mănăstirii însumau 400 ha de pământ.
Documente istorice de la anul 1600 atestă faptul că Mănăstirea Făget a fost reşedinţă a lui Mihai Viteazul. Aici acesta poposea uneori, atunci când venea în Cetatea Făgăraşului. Datina era ca un conducător de ţară să fie primit la intrarea în cetate de către episcopul locului. De aceea, într-o vreme, episcopul locului îşi avea reşedinţa în Galaţi, la această mănăstire. Se pare că mănăstirea a fost construită înainte de Cetatea Făgăraşului. Există şi o legendă, care spune că printr-un tunel mănăstirea comunica cu fortăreaţa. Ultimul drum pe aici a lui Mihai Viteazul a fost înainte de victoria pe care a obţinut-o la Şelimbăr.
Felul în care se spune că a fost distrusă Mănăstirea de la Făget impresionează pe oricine: în zorii unei zile de duminică, atunci când obştea era adunată pentru a săvârşi Sfânta Liturghie, mănăstirea a fost incendiată. Nu se ştie câţi călugări erau în biserică la acel moment, dar documentele atestă faptul că această mănăstire a avut o obşte numeroasă. Într-o vreme mănăstirea avea 188 de vieţuitori, din care 38 erau preoţi. Acestui incendiu au supravieţuit doar 8 călugări, care s-au retras în satul Boholţ. Astfel, în locul unei înfloritoare mănăstiri au rămas doar ruine. Şi acestea au fost măcinate de vreme, existenţa acestei mănăstiri rămânând vie doar în memoria credincioşilor localnici.
Renaşterea acestei mănăstiri a fost posibilă prin strădaniile unui fiu al satului Boholţ, Înalt Prea Sfinţitul Serafim Joantă, Mitropolitul Germaniei, Europei Centrale şi de Nord. Acesta, pe vremea când era episcop-vicar al Arhiepiscopiei Sibiului, a dat curs cererii credincioşilor şi a obţinut aprobarea reconstruirii mănăstirii. Terenul actual al mănăstirii, în suprafaţă de 6,49 ha, a fost donat de către 6 familii din Boholţ.
Astfel, în anul 1993, după aproximativ 300 de ani de la incendierea acestei mănăstiri, se începe reconstrucţia ei. Mai întâi se construieşte un Altar de vară, care acum e folosit de părintele Dositei, duhovnicul mănăstirii, pentru săvârşirea Tainei Spovedaniei, ca aghiasmatar şi pentru pregătirea Sfintelor Paşti, sfinţit de Î.P.S. Serafim.