Peştera face parte din aria naturală protejată Peştera Valea Cetăţii, care a fost desemnată arie naturală protejată pentru protecţia şi conservarea elementelor naturale cu valoare şi semnificaţie ecologică, ştiinţifică, peisagistică deosebite, reprezentate de fenomene carstice, arborii seculari, flora, pierderile de apă în ponorul Fundăţica. Peştera se încadrează în categoria cavităţilor cu ventilaţie unidirecţională. Sensul curentului de aer se inversează în funcţie de sezon: ascendent în regim de iarnă şi descendent în regim de vară. În sezonul rece este prezent un curent mai slab şi de sens contrar cu cel principal, înregistrat în zona cotei –34,8 m; acolo unde se produce o reducere bruscă şi esenţială a secţiunii galeriei.

În trei sectoare ale peşterii, la intrare, în sectorul destinat turismului de masă şi în sectorul destinat turismului speologic specializat, au fost montate data logger-e pentru monitorizarea continuă a temperaturii şi umidităţii relative. Se va monitoriza de asemenea şi concentraţia de CO2 din peşteră. Datele obţinute vor fi corelate cu numărul de vizitatori şi frecvenţa vizitelor, pentru a evalua impactul turistic asupra mediului subteran.

În interiorul peşterii, datorită degradării la care a fost supusă aceasta în ultimele decenii, mai pot fi întâlniţi doar liliecii. Abundenţa şi diversitatea acestora este scăzută. În prezent a fost semnalată o singură specie.