Cetatea Rupea, acoperă o suprafaţă de aproape 11 ha cu ziduri, turnuri şi curţi interioare. Datorită poziţiei dominante pe care o ocupă în apropierea drumului european E 60, în dreptul oraşului, este o prezenţă remarcabilă de la mare distanţă. În ciuda unor speculaţii avansate de diferiţi autori, este sigur că suprafaţa sa a fost utilizată în preistorie, însă nu şi în Antichitate, de către daci sau romani. La fel de sigur este că reprezintă o creaţie medievală, un complex arhitectonic major, cu nivele rezultate în cinci secole de funcţionare.

Cetatea este modificată în timp, prin adăugarea a două curți interioare și trei turnuri de apărare. 
Prima incintă a sistemului de fortificare este cetatea de sus, care datează din perioada prefeudală, secolul X-XIII. cuprinde cele mai recente extinderi, printre care și Turnul Slaninii, specific comunităților săsești. Tot aici se găsește și fântâna adanca de 59 de metri. Cetatea de sus are o suprafață de peste 1.500 mp. Sistemul de apărare al cetății are la bază zidurile acestei incinte, perfect îmbinate cu rocile naturale. Intrarea în cetatea de sus se făcea printr-un culoar foarte îngust, poarta de sub Turnul Pulberăriei, Turnul cu vârful îngroșat. Se pot observa în interiorul incintei urmele de încăperi, ce au servit drept locuințe pentru populația refugiată în cetate, pe timpul asediilor. Cele mai cunoscute încăperi din cetatea de sus sunt Camera judelui și Camera preotului. Acestea sunt însă foarte greu identificabile astăzi. 
Cetatea de mijloc a fost construită în secolul al XV-lea și modificată, pentru a fi mărită, în secolul al XVII-lea. Aici se pot identifica Turnul cu gratii, Capela și un alt Turn Pentagonal, unic în Europa, poartă de intrare în cetatea de mijloc. În această perioadă, cetatea a fost mărită prin adăugarea unei curți interioare, în care în anul 1623 este săpată fântâna cetății, adâncă de 59 m și nesecată până în prezent. Tot în cetatea de mijloc se pot observa turnul și poarta principală de jos care datează din secolul al XVII-lea. Cetatea de jos a fost construită începând cu secolul al XVIII-lea. Din această perioadă datează locuința paznicului cetății, din 1850, și magazia militară, construită la începutul secolului al XIX-lea.
În planurile cetății sunt menționate și Turnul Slăninii (specific cetăților săsești), Turnul Slujitorilor, magazia cu pulbere, Turnul Ungrei, Portița Cercetașilor cu Turnul Cercetașilor, Camera judelui regal, Camera judelui scaunal, Turnul Scribilor, o gură de tragere, Camera scaunală și Camera de sus. Cetatea Rupea are forma unei spirale ascendente (cochilii de melc).